Élève de l’ENS-Ulm de 1983 à 1988, puis membre de l'École française de Rome (1991-1994), licencié en Théologie catholique de l'Université de Strasbourg en 2000. Fabrice Bouthillon est aujourd'hui et depuis 1994, professeur d’Histoire contemporaine, à l’Université de Bretagne occidentale, à Brest.